1.因為特定檔案的特性，並不是所有的病毒都可被解毒。
2.受感染的檔案是以壓縮檔格式存在，它會造成檔案無法解毒的現象。
3.如果我們廣義的將特洛伊程式與蠕蟲也定義為病毒，那麼攜帶這些病毒的檔案是無法被解毒的，因為這些檔案並未受到感染，而檔案本身即是病毒本身。這類型的檔案僅能透過刪除或將其改名來處理。
4.病毒最常感染的檔案，如系統資訊檔（system.ini等），這些都是作業系統維持正常運作所必須的檔案。如果遇到這樣的狀況時，作業系統將會阻止任何程式存取這些檔案。相同意思，例如，當一個已經開啟的檔案是無法在檔案總管中將其刪除。
5.那些攜帶病毒的東西並無法寫入東西，例如光碟片或以關閉寫入保護的磁碟片等。